Bei der Betriebsprüfung wird üblicherweise die Körperschaftsteuer sowie die Umsatzsteuer von abgeschlossenen Veranlagungsjahren überprüft. Dabei kommt es häufig auch zu einer „Umsatzsteuernachschau“, wobei auch die Umsatzsteuer bis herauf zur laufenden Umsatzsteuervoranmeldung überprüft wird. Im Zuge einer Betriebsprüfung kann auch eine Vereinsbesichtigung angeordnet werden. Die Prüfung der Gemeinnützigkeit ist ein wesentliches Element, also die Frage, ob steuerliche Begünstigungen zu Recht in Anspruch genommen werden.